En Tokio ocurren varias muertes, cometidas por Ghouls, seres desconocidos que sobreviven a base de carne humana. Un día Ken Kaneki, un joven de 18 años conoce a una chica llamada Rize Kamishiro en una cafetería y la invita a salir. Tras una cita aparentemente normal, Kaneki se ofrece a acompañarla a su casa. Al entrar a un callejón es atacado por ella, quien resulta ser un Ghoul. Durante el ataque, Kaneki es salvado por la caída de unas vigas que matan a Rize antes de que pueda matarlo, pero lo deja terriblemente herido. Debido a la gravedad de sus heridas, recibe un trasplante de órganos por el ghoul atacante (Rize Kamishiro). Así, Kaneki termina convirtiéndose en un ser mitad Ghoul y mitad Humano, de ahora en adelante deberá vivir escondiéndose de los humanos sin tener a quién recurrir. Conoce a unos Ghouls quienes trabajan en la cafetería donde conoció a Rize y se entera que los trabajadores de esa cafetería también resultan ser ghouls que sobreviven a base de cafe, ya que el cafe es el único gusto que comparten los Ghouls y los humanos. Lo demás es rechazado por el estómago de los Ghouls, salvo la carne humana, que han de consumir cada cierto tiempo.Durante el transcurso de la historia Kaneki conocerá a nuevos compañeros y verá el lado oscuro de tanto la humanidad como de los Ghouls.

El protagonista de esta serie es un estudiante de la universidad de Kami llamado Kaneki Ken. Este personaje se enamora a primera vista de una mujer que conoce en una cafetería, con la cual comparte los mismos libros y aficiones. Acabando su primera cita, Kaneki se dispone a acompañarla a su casa debido a la poca seguridad que hay en las calles de Tokyo, mas no sabe que dicha mujer es un ghoul. Rize intenta devorarlo, pero unas vigas caen desde un edificio en construcción dejándola "muerta". Kaneki es trasladado moribundo a un hospital, donde le hacen un trasplante de órganos procedentes de la propia "Rize" . Pronto empieza a observar cambios en su cuerpo y una imperiosa necesidad de comer carne humana, pero se resiste a sus instintos desesperadamente. A partir de aquí, podemos ver como el personaje se sumerge de lleno en el mundo de los ghouls, donde tendrá que aprender a sobrevivir y a conocer su nuevo cuerpo y su nueva realidad, sin pertenecer ni al mundo de los humanos ni al de los ghouls.